La historia comienza en el presente, donde un nuevo empleado en Abstergo Entertainment se mete en la piel de Shay Patrick Cormac a través del Animus

La trama comienza en el año 1752 con Shay y Liam (un asesino profesional y corsario del "Chevalier"). Ambos se encuentran varados en una isla en el atlántico Norte durante la Guerra de los Siete Años. Después de liberar a unos contrabandistas de un barco británico

El personaje infiltrado en Abstergo sale del Animus y se encuentra con Violet Da Costa, quien le indica que el archivo de memorias de Shay tiene un virus que afecta al edificio de Abstergo que está asociado con Helix. Una vez arreglado el problema, el personaje regresa al Animus para seguir investigando los recuerdos de Shay

De vuelta al Animus, Shay y Liam regresan a la hacienda de Aquiles Davenport. Mientras Adewale le informa a Aquiles sobre un terremoto ocurrido en Haití, 

Shay se dirige a entrenar con Liam, Hope (una maestra asesina) y Kesegowaase (un nativo que le enseñará a ser sigiloso y a cazar animales). Una vez completado el entrenamiento

Una vez completado el entrenamiento, Aquilles le encomienda una misión importante a Shay. Su misión consiste en recuperar un manuscrito y una caja controlados por los Templarios. Achilles cree que estos objetos son la clave para localizar los fragmentos restantes del Fruto del Edén. A bordo del Morrigan, su primera pista lo lleva a Halifax. Allí contacta con un espía llamado Le Chasseur, quien le informa que el manuscrito ha sido enviado a Lawrence Washington (medio hermano de George Washington). Inmediatamente, Shay y Liam regresan para informarle a la Hermandad de lo que saben. Hope les dice que el paquete que se envió a Lawrence lo llevará hasta su lugar de hospedaje en Virginia. Por lo tanto, Achilles le dice a Shay que descubra todo lo que pueda saber sobre Lawrence Washington y el paradero del manuscrito. Una vez localizado, Shay elimina a Lawrence pero no logra descubrir nada sobre el manuscrito o la caja

En 1754, Shay y Liam continúan su búsqueda, por lo cual se reúnen nuevamente con Le Chasseur. Le Chasseur les informa que deben encontrar a Samuel Smith, un ingeniero contratado por los Templarios para averiguar el funcionamiento de la caja. Ambos se dirigen al Atlántico Norte y localizan a Smith, eliminándolo y recuperando la caja

Luego, se dirigen a Albany para reagruparse con Hope y Liam. Estos le informan que, debido a la muerte de Lawrence, James Wardrop maneja los asuntos de los Templarios, teniendo en su poder el manuscrito. Shay localiza a Wardrop en un fuerte militar, acabando con él y recuperando el manuscrito

Una vez recuperados los dos objetos, Shay y Hope se reúnen con Benjamin Franklin para que los ayude a descifrar el contenido de la caja. Gracias al pararrayos de Franklin

 la caja muestra un mapa holográfico con un punto marcado en Lisboa, Portugal. Shay se reagrupa con Hope y Achilles, encargándole la tarea de localizar el Templo de los Precursores y recuperar el fragmento del Edén.

En 1755, Shay llega al Templo en Lisboa. Después de encontrar la entrada secreta, Shay se encuentra con un artefacto pero, al momento de tocarlo, se deshace provocando un terremoto en la ciudad de Lisboa 

Arrepentido de lo que ha hecho, regresa a la hacienda de Davenport y sostiene una discusión con Achilles y sus colegas. Shay les dice que el terremoto que presenció en Lisboa era igual al que sucedió en Haití en 1752 y culpa a Aquiles por enviarlo allí a destruir la ciudad. Ellos no concuerdan con lo que dice Shay y le dicen que se vaya

Shay se enfurece, así que, entra de nuevo en la hacienda y roba el manuscrito. Aquiles lo descubre y luchan por él pero logra escapar. Sin embargo, los Asesinos lo interceptan y acorralan. Este les dice que no puede devolver el manuscrito o morirán muchas personas. Aun así, Liam le dispara por la espalda y antes de caer al mar, el recuerdo se interrumpe.

En el presente, un técnico de Abstergo y Viola intentan descifrar un fallo en los recuerdos de Shay. Los únicos recuerdos disponibles son 20 años después del recuerdo actual, por lo que deciden continuar con la investigación. De regreso al Animus, Shay aparece en París en busca de Benjamin Franklin, pero nuevamente se interrumpe el recuerdo. Debido al virus que afecta los servidores del Animus, el protagonista es enviado a reiniciarlos. Completado el objetivo, regresa al Animus.

En 1756, Shay es rescatado, atendido y hospedado por los Finnegan, una familia que vive en Nueva York. Al instante son atacados por unos vándalos pero Shay se deshace de ellos. Los Finnegan le agradecen y le dan la vestimenta de su hijo, que era templario. Él también les agradece por cuidarlo pero les pregunta si tenía un manuscrito. Sin embargo, ellos niegan haber visto un objeto el día que lo encontraron. Lo que significa que el manuscrito está en el fondo del océano y los Asesinos lo han dado por muerto

Shay se decide a perseguir a los bandidos locales de la ciudad y acaba con el líder de ella.

Allí conoce al Coronel George Monro, un hombre que desea unir fuerzas con Shay para contribuir con el bienestar de la ciudad. Al regresar a casa de los Finnegan, Monro le informa que un amigo suyo se encuentra en problemas, por lo que Shay accede rescatarlo. Shay salva a Christopher Gist de la horca, pero mientras habla con el, observa su barco (El Morrigan) en el puerto de la ciudad y logra recuperarlo. Gist le ayuda a conseguir los integrantes de la tripulación, Shay lo acepta como su primer oficial en el Morrigan y se dirigen a Albany. 

Al llegar allí, el coronel Monro les informa sobre un proveedor de armas reunido en un fuerte francés, a lo cual Shay accede a ir con ellos a capturarlo. Al destruir el fuerte, Shay se encuentra con Le Chasseur. Este le dice que la única forma en la que puede seguir con vida es acabar con él o avisara a la hermandad de que él está vivo. En consecuencia, Shay asesina a Le Chasseur y abandona el fuerte

Al regresar a Nueva York, Shay descubre que Benjamin Franklin se encuentra en la ciudad, desarrollando armas químicas para utilizarlas contra la ciudad. Al reunirse con él, se lleva el plano de un prototipo de arma, destruye los suministros de venenos y se reagrupa con sus colegas

En 1757, Shay recibe el manuscrito perdido y una carta del Coronel Monro que describe haber encontrado el libro en el océano y que ha estado en su posesión todo este tiempo. Le dice que durante el tiempo que se conocen, Shay ha estado sirviendo a la causa templaria debido a su experiencia con Los Asesinos. Por lo que le cede el manuscrito confiando en que traduzca su contenido para la Orden de Los Templarios. Por lo tanto, Shay decide dirigirse al fuerte William Henry para salvarlo del problema en que se encuentra. Al llegar al fuerte, rescata a Monro pero se encuentra con Kesegowaase. Intenta perseguirlo pero se ve obligado a escapar para salvar a Monro. Shay decide reunirse nuevamente con Monro y otro templario (Jack Weeks). Monro le explica que sus hombres lo rescataron y lo llevaron con los Finnegan. Shay aprovecha la oportunidad de devolverle el manuscrito diciéndole que corre más peligro en sus manos, por lo que Monro acepta quedárselo

Jack Weeks les informa que Kesegowaase va a atacar la ciudad, entonces Shay decide frustrar sus planes y buscar ayuda. Allí ayuda a los aldeanos indígenas y al ejército británico de los franceses. Cuando llega a Albany, ayuda a Monro y persigue a Kesegowaase. Antes de morir, Kesegowaase le dice que los templarios no tendrán éxito y Monro estará muerto. Apresuradamente, Shay rescata a Monro. Monro le dice que el Asesino se llevó el libro, por lo que deduce que Liam lo tiene en su poder. Pero al final, Monro muere por las heridas dejando el anillo Templario en su mano

Después de ello, Shay se reúne con los miembros de la Orden de los Templarios. Al estar de acuerdo con los reglamentos, Haytham Kenway (hijo de Edward Kenway y el padre Connor Kenway) le da la bienvenida.

En el presente, el protagonista sale del Animus. Violet le envía al despacho de la presidenta Melanie (anteriormente el presidente de Abstergo era Olivier Garnier en Black Flag, muerto por Aiden Pierce de Watch Dogs) a restablecer otro servidor que dará acceso a los recuerdos de Shay. Al llegar mantiene una conversación breve con Melanie y le indica dónde está el servidor. Al restablecerlo, regresa al Animus. Esta vez en 1776, Shay aparece nuevamente en París, encontrando a Franklin. Cuando lo salva, le dice que debe verse con alguien en el Castillo de Versalles y el recuerdo se interrumpe

De vuelta en el año 1757, Shay le cuenta a Haytham lo que los Asesinos intentan hacer con el manuscrito, le explica todo sobre los fragmentos del Edén y sobre los terremotos que estos artefactos pueden ocasionar al planeta. Por lo tanto, Haytham le asigna la tarea de detener a un grupo de Asesinos en Luisburgo, liderados por Adewale Shay mata a Adewale con la ayuda de heytham completando la misión 

En 1759, Shay espía la reunión de Achilles y los asesinos en Nueva York, en la que descubre su próxima expedición. Shay se lo informa a Haytham y a Jack, y todos se proponen a detenerlos. Por lo tanto, se infiltran en la banda de Hope, robando todos sus ingresos. Después de ello, Haytham y Shay descubren el paradero de Hope. Él encuentra la mansión donde se refugia Hope y Liam, pero ella lo descubre y escapa, activando un gas tóxico por toda la casa. Shay logra salir del lugar, la persigue y la asesina. Él se lamenta por haberla matado pero ella le dice que no tenía opción. Ahora Shay va tras Liam y Aquiles en su expedición. Pero antes debe localizar a Louis-Joseph Gaultier de la Vérendrye. Por lo que va hacia a Anticosti para encontrarlo y saber el lugar de la expedición. Al llegar, extrae mapas de viaje codificados y se los lleva a Cook para que lo ayude a encontrarlo. Ambos van en su búsqueda. Mientras están en el océano, De La Vérendrye contraataca con su navío. Al destruirlo, Shay aborda el barco, lo asesina y obtiene las cartas de navegación. Después de completar su objetivo, se reagrupa con Haytham para ir tras Liam y Aquiles.

En 1760, Shay, Haytham y Gist se encuentran en el Polo Norte. Él y Haytham localizan la entrada al Templo de los Precursores y encuentra a Liam y Aquiles dentro. Aquiles se da cuenta de que Shay tenía razón al ver que los artefactos sostienen la superficie de la Tierra. Shay le dice que si le hubiera hecho caso, no hubiera ocurrido nada de lo que ha pasado. Sin embargo, Liam intenta dispararle por traicionar a la Hermandad, pero Achilles lo evita. Accidentalmente, Liam tumba el artefacto y ocurre un terremoto. Todos se dispersan, pero Shay va tras Liam. Al alcanzarlo, ambos caen de un precipicio. Shay sobrevive pero Liam muere. Al regresar al Morrigan, Shay evita que Haytham mate a Achilles, diciéndole que el ya sabe el peligro de esos artefactos y su muerte no resolvería el problema. Haytham accede a dejarlo vivir, pero le dispara en la pierna para que nunca olvide lo que ha ocurrido. Al final, Haytham le dice a Shay que debe encontrar la caja perdida que revela el mapa mundial de los demás Templos y él acepta la misión.

Shay y Franklin se encuentran nuevamente en París, Versalles durante el año 1776. La persona con la que debe reunirse es Charles Dorian, quien posee la caja que ha estado buscando. Al infiltrarse en el Palacio, se encuentra en su camino a dos niños pequeños: Arno (protagonista de Assassin's creed Unity) y Elise. Al encontrar a Charles, lo asesina, se lleva la caja y abandona el lugar, recordando el juramento de la Orden de los Templarios